实验方案库
Sf9 细胞悬浮培养以提取蛋白并多轮纯化
本方案详细描述了利用Sf9昆虫细胞悬浮培养系统表达目的蛋白,并通过Ni-NTA亲和层析、阴离子交换及分子筛层析进行多轮纯化的完整流程。内容涵盖细胞准备、病毒接种、超声破碎及后续样品处理,步骤详尽,旨在指导实验者高效获取高纯度蛋白。
辅助噬菌体M13K07扩增SOP
本方案详细描述了辅助噬菌体M13K07的扩增与纯化流程。通过感染携带噬菌粒的宿主菌,利用辅助噬菌体提供复制元件,大量生产展示目标蛋白的噬菌体颗粒。方案涵盖从细菌培养、噬菌体感染扩增、PEG沉淀纯化到滴度测定的完整步骤,最终获得高滴度的噬菌体储备液,用于后续的噬菌体展示筛选等研究。
【Seurat单细胞分析系列⑤】SCTransform:比LogNormalize更聪明的标准化方法
【Seurat单细胞分析系列④】数据可视化(下):进阶用法、交互绘图与图形拼接
【Seurat单细胞分析系列④】数据可视化(上):五种marker基因表达图全解析
【Seurat单细胞分析系列③】多模态数据分析:同时测RNA和蛋白质
【Seurat单细胞分析系列②】手把手入门:通过经典数据集掌握单细胞分析的基础流程(下)
【Seurat单细胞分析系列①】手把手入门:通过经典数据集掌握单细胞分析的基础流程(上)
实操篇1|慢病毒包装:从质粒到病毒颗粒
本文是林剑锋老师专门为老司机的各位同学撰写的《慢病毒完全指南》中的实操篇第一部分,介绍了如何构建三质粒系统包装、获取慢病毒,以及相关常见问题解析。
技巧篇|慢病毒实验高手才知道的N个细节
本文是林剑锋老师专门为老司机的各位同学撰写的《慢病毒完全指南》中的技巧篇,介绍了慢病毒设计包装制备全流程中的16点技巧。
实操篇2|慢病毒感染:精准递送的策略与艺术
本文是林剑锋老师专门为老司机的各位同学撰写的《慢病毒完全指南》中的实操篇第二部分,介绍了慢病毒感染与递送这一部分。
应用篇|慢病毒在科研中的六大用武之地
本文是林剑锋老师专门为老司机的各位同学撰写的《慢病毒完全指南》中的应用篇。介绍的是慢病毒在生命科学中的6个主要应用方向。
入门篇|慢病毒:实验室里的基因“特快专递”
本文是林剑锋老师专门为老司机的各位同学撰写的《慢病毒完全指南》中的入门篇。介绍的是慢病毒的基本概念与慢病毒在实验中的特性与应用。
单细胞ATAC分析基本内容简述
本文档概述了单细胞ATAC-seq分析的基本流程,包括从原始测序数据到最终细胞聚类与注释的关键步骤。内容涵盖数据质控、比对、peak calling、细胞过滤、降维聚类以及基因活性分析等核心环节,为理解单细胞染色质可及性分析提供了框架性指导。
单细胞ATAC分析流程
本方案详细描述了从单细胞ATAC-seq原始测序数据(fastq文件)开始,到获得可解释的染色质可及性分析结果(如细胞聚类、差异可及性区域鉴定)的完整生物信息学分析流程。涵盖了数据质控、序列比对、peak calling、细胞过滤、降维聚类和注释等关键步骤。
单细胞ATAC下游分析2:ArchR分析-降维、去批
本方案详细介绍了使用ArchR软件包对单细胞ATAC-seq数据进行下游分析的流程,核心步骤包括降维(使用LSI和UMAP)以及批次效应校正(Harmony整合)。旨在从高维稀疏的染色质开放性数据中提取生物学信号,并整合多个样本以进行后续分析。
单细胞ATAC下游分析1:使用ArchR构建ArchRProject及数据质控
本实验方案详细介绍了如何使用ArchR软件包对单细胞ATAC-seq数据进行下游分析的第一步:构建ArchRProject对象并进行初步数据质控。内容包括数据导入、元数据添加、质控指标计算(如TSS富集分数、核小体信号、双峰比例等)以及基于质控结果过滤细胞。
单细胞ATAC上游分析实战
本实验方案详细介绍了单细胞ATAC-seq数据的上游分析流程,包括从原始测序数据(fastq文件)开始,进行质量控制、比对、峰检测、细胞核识别到最终生成细胞-峰矩阵的完整步骤。方案基于snakemake流程构建,适用于在服务器或高性能计算集群上处理10x Genomics平台产生的单细胞ATAC-seq数据。
BMDC细胞制备、培养的具体步骤和注意事项
BMDC细胞即骨髓来源的树突状细胞(Bone Marrow-Derived Dendritic Cells),是机体免疫系统中重要的抗原呈递细胞,能够摄取、加工和呈递抗原给T细胞,启动适应性免疫应答。通过研究BMDC细胞与T细胞的相互作用,以及在不同免疫刺激下BMDC细胞的激活、成熟过程,可以深入了解免疫系统识别和应对病原体的分子机制和细胞信号通路。本文介绍的是其制备和培养的具体步骤及注意事项。
HSF细胞的复苏、传代和冻存操作步骤
HSF细胞(Human Skin Fibroblasts)指人皮肤成纤维细胞,是来源于人体皮肤组织的成纤维细胞,主要从人体皮肤(如真皮层)分离获得。HSF细胞属于间充质来源的贴壁生长细胞,形态呈梭形或多角形,具有典型的成纤维细胞形态特征。 提前将培养基放进37°C水浴锅中,准备好15mL离心管、巴氏吸管。 取出细胞冻存管,迅速放进37°C水浴锅中,晃动冻存管,使之快速融化复温。 将化冻的细胞(1mL)加到含9mL预热完全培养基的15mL离心管中,轻轻吹吸混匀后200×g离心5分钟。弃上清。 加入2mL完全培养基重悬细胞后,转移至含有3mL完全培养基的T25细胞培养瓶中,置于37°C,5% CO2二氧化碳培养箱中培养。