数据库分类

生命科学相关最常用基本文献数据库之一。

爱思唯尔的文献数据库。

由冷泉港实验室维护的 protocol 收集站。

这是全球目前最完善的 protocol 收集站之一。

如果想快速了解一个专题，可以在其中选择目标学科，然后会出现关键词词条汇总，据此进行初步了解。

冷泉港实验室发起的免费预印本平台，无需同行评议。想看特别新、特别前沿的文章，这是很好的选择。*需要科学上网

著名的科研社交平台，可以浏览各种提问、讨论与论文，并与学者互动讨论。

包含很多子分类数据库，可以下载各种格式的序列文件，网站内置 BLAST 等在线工具。

提供全球生物学信息的数据库储存及交互，同时具有在线工具以及相关国标。

存储蛋白质三维结构数据，是目前最主要的收集生物大分子结构的数据库。可获取初级结构、三维结构、原子坐标及相关参考文献等信息。

目前最全面的综合性蛋白质序列和功能的数据库，提供关于蛋白质功能、分类、序列、亚细胞定位、结构域、翻译后修饰、蛋白互作、GO注释等详细信息。

欧洲生物信息研究所提供的基因组资源中心，提供全面的转录本、剪切变体、基因组信息、基因功能注释、代谢路径等信息。

主要收集蛋白质的翻译后修饰信息，如磷酸化、乙酰化、泛素化等修饰的残基位点、报告频次。

哈佛大学建立的 PCR 引物公共资源，可根据数据库、物种、Gene ID 搜索引物。

提供细菌、古菌和真菌的核糖体 RNA 数据，用于微生物鉴定和系统发育分析。内置序列比对、分类筛选和发育树构建等工具。

按蛋白质的家族关系分类提供蛋白质家族信息、结构域、功能位点预测等信息，现已加入 InterPro 豪华套餐。

收集无规则蛋白质（IDPs）和无规则蛋白质区域（IDRs）信息的数据库，其中收集的蛋白质相变信息已经实验证实。

整合目前所有公开可用的蛋白质-蛋白质相互作用信息，并对其进行预测与赋分。数据来源于高通量检测、上下文预测、共表达分析等多种类型文献。

主要提供 miRNA 序列和功能信息。可根据组织表达及基因组位置进行搜索，还包括 miRNA 的注释、文献引用及靶基因预测。

关于 miRNA、靶基因以及代谢通路的数据库。

全球最权威的生物资源中心之一，包括原代细胞、细胞系、杂交瘤细胞、工程细胞等，可查询供体信息、形态、培养体系、传代培养程序、冻存液配制等。

不仅提供细胞的基础信息，还提供培养基的配方信息。

由瑞士生物信息学研究所开发的细胞系知识资源库，可用于查询和验证细胞系的信息。

由 CST 公司开发的细胞通路景观，可以按疾病或方向查询细胞通路全景观。

欧洲生信开源工具箱。

包含基础生物信息学工具的在线平台。

在线引物设计工具。

在线引物设计工具。

蛋白质结构预测工具，采用深度学习技术与对特定序列的注意力机制优化预测准确性，与晶体实验结果重合度很高。其预测的蛋白质数据是公开的。

蛋白质结构预测工具，原理是同源建模，根据提供的序列，自动寻找并基于相似的已知蛋白结构进行建模预测。

基于蛋白质线索模板（threading）自动化预测蛋白质结构，可识别结构上的功能域和潜在的功能注释，适用于难以找到好模板的蛋白质。

I-TASSER 的扩展，专门用于预测蛋白质-蛋白质复合体的结构。

可以在线进行完全自动化的建模，核心算法包括片段插入和模拟退火算法，还提供蛋白质设计和蛋白质-蛋白质对接的预测。

专门的同源建模工具。引入能量函数优化模型，以确保结构的热力学合理性。支持单一/多结构预测和循环建模。

使用序列比对技术，常用于预测和分析蛋白质结构、功能和突变的影响。用户友好，常用于教学。

预测蛋白小分子结合区域的 AI 工具。

由博德研究所和张锋实验室发布的 sgRNA 设计工具，囊括 CRISPRko、CRISPRa 和 CRISPRi 模块。

评估多种物种中 sgRNA 的切割与脱靶情况的在线工具。

可用于设计基因敲除用 sgRNA 和基于 CRISPR 的基因激活、沉默等的在线工具。

蛋白质-配体盲对接工具。

miRNA 靶基因预测工具。通过搜索和每条 miRNA 种子区域匹配的保守的 8mer 和 7mer 位点来预测靶基因。

有各种可视化界面探讨 microRNA 靶标的站点。数据来源于高通量的 CLIP-Seq 和 HITS-CLIP 实验数据和降解组实验数据。

基于几何分析的口袋和空腔识别的蛋白质活性位点预测工具。

基于机器学习的蛋白质潜在配体结合位点的快速预测平台。

通过评估蛋白质每个残基的进化保守性，推测功能相关位点的预测平台。

用于酶定向进化与蛋白工程改造，预测催化位点、稳定性敏感区、适合突变的热区。

识别蛋白质结构中所有潜在小分子结合口袋的在线工具。

网格扫描式蛋白活性空腔识别平台，适合结构初筛。