合集内容
按合集设定顺序展示，可直接进入各个方案详情。
单细胞ATAC分析基本内容简述
生物信息学
#单细胞测序
#ATAC-seq
#表观遗传学
本文档概述了单细胞ATAC-seq分析的基本流程，包括从原始测序数据到最终细胞聚类与注释的关键步骤。内容涵盖数据质控、比对、peak calling、细胞过滤、降维聚类以及基因活性分析等核心环节，为理解单细胞染色质可及性分析提供了框架性指导。
单细胞ATAC分析流程
生物信息学
#单细胞ATAC-seq
#生物信息学
#染色质可及性
本方案详细描述了从单细胞ATAC-seq原始测序数据（fastq文件）开始，到获得可解释的染色质可及性分析结果（如细胞聚类、差异可及性区域鉴定）的完整生物信息学分析流程。涵盖了数据质控、序列比对、peak calling、细胞过滤、降维聚类和注释等关键步骤。
单细胞ATAC上游分析实战
数据处理
#单细胞ATAC-seq
#生物信息学
#上游分析
本实验方案详细介绍了单细胞ATAC-seq数据的上游分析流程，包括从原始测序数据（fastq文件）开始，进行质量控制、比对、峰检测、细胞核识别到最终生成细胞-峰矩阵的完整步骤。方案基于snakemake流程构建，适用于在服务器或高性能计算集群上处理10x Genomics平台产生的单细胞ATAC-seq数据。
单细胞ATAC下游分析1：使用ArchR构建ArchRProject及数据质控
数据处理
#单细胞ATAC-seq
#生物信息学
#表观遗传学
本实验方案详细介绍了如何使用ArchR软件包对单细胞ATAC-seq数据进行下游分析的第一步：构建ArchRProject对象并进行初步数据质控。内容包括数据导入、元数据添加、质控指标计算（如TSS富集分数、核小体信号、双峰比例等）以及基于质控结果过滤细胞。
单细胞ATAC下游分析2：ArchR分析-降维、去批
数据处理
#单细胞ATAC-seq
#生物信息学
#数据分析
本方案详细介绍了使用ArchR软件包对单细胞ATAC-seq数据进行下游分析的流程，核心步骤包括降维（使用LSI和UMAP）以及批次效应校正（Harmony整合）。旨在从高维稀疏的染色质开放性数据中提取生物学信号，并整合多个样本以进行后续分析。